Había cambiado la configuración de /var/www/siremis-9.0.4/siremis/metadata/Config.xml para comunicarse con la IP de loopback:
<database dbname="openser" driver="Pdo_Mysql" name="Default" password="xxxxxx" server="localhost" user="openser"></database>
<database dbname="openser" driver="Pdo_Mysql" name="Siremis" password="xxxxxx" server="localhost" user="openser">
</database>
Pero en esta máquina el servidor MySQL escucha en la IP 192.168.2.xx. Cambiando localhost por esta IP la autentificación en Siremis funciona y se puede seguir avanzando en las siguientes tareas.
La traumática experiencia sirve para confirmar la gran importancia de los mensajes de error y logs especialmente en el software libre donde la documentación no siempre es lo suficientemente rigurosa al documentar posibles casos de error.
Esto junto con mi falta de acierto a la hora de buscar el problema han provocado una pérdida de tiempo considerable en algo que debería haber sido inmediato.

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